Las flores de la guerra cuenta la historia de John Miller, un hombre que trabaja preparando cadáveres para que estén listos para enterrar. En medio de la segunda guerra chino-japonesa, el protagonista va a la ciudad de Nankín (China) para organizar el funeral de un párroco extrajero que acaba de fallecer. Allí, Miller se verá envuelto en los terribles acontecimientos del 13 de diciembre de 1937, cuando las tropas del Ejército Imperial Japonés irrumpieron en Nankín y cometieron excesos y atrocidades que convirtieron este día en una auténtica masacre. Cuando el protagonista llega a la catedral, encuentra a un grupo de religiosas de un convento y a las prostitutas de un burdel cercano a la zona. John Miller se convierte en su protector y defensor y todos juntos, tendrán que intentar sobrevivir en medio del terror y el pánico que les tocará sufrir.
