Segunda mitad del siglo XVII. Sebastião Rodrigues y Francisco Garrpe son dos sacerdotes jesuitas portugueses que se ven obligados a emprender un viaje hasta Japón para encontrar a su mentor, Cristóvão Ferreira. Según se rumorea, Ferreira ha renunciado a su fe de forma pública, tras haber sido perseguido y torturado. En busca de este misionero, los dos sacerdotes vivirán el suplicio y la violencia con que los japoneses reciben a los cristianos. Y es que, en el país nipón la práctica del catolicismo no está permitida, por lo que aquellos que practican esta creencia deben hacerlo en la clandestinidad. Los misioneros jesuitas serán testigos de la violenta persecución a la que son sometidos los cristianos japoneses, que están sometidos a un régimen dictatorial que busca eliminar cualquier influencia occidental en el país.
