En el trayecto de vuelta a casa tras haber emprendido un largo viaje al futuro para vencer al malvado Nero , la tripulación de la nave Enterprise, es sorprendida por una fuerza que ha conseguido destruir la flota y todo lo que ésta significa, poniendo al mundo entero en peligro. Con el capitán Kirk como líder, el deber de la nave es intentar atrapar al responsable y restablecer la paz y el equilibrio. Para conseguirlo, la tripulación se dirige hacia un planeta en guerra para capturar a un hombre que es un arma devastadora que aniquila todo lo que encuentra a su paso. Los tripulantes se verán inmersos en una batalla en la que tendrán que luchar por su vida, una batalla en la que la amistad y el amor se verán puestos en entredicho, y en la que el capitán Kirk deberá realizar auténticos esfuerzos por salvar la unión de su única familia, la tripulación de la nave Enterprise...