Tras quedarse huérfana a causa de una epidemia de cólera en la India, la joven y temperamental Mary Lennox se trasladará a vivir a Inglaterra con su tio. La niña, de salud débil, tratará de adaptarse a su nuevo hogar en el páramo de Yorkshire, una mansión que a sus ojos parece tan inmensa como desolada. Contará además con la compañía de la Señora Medlock, una dura y estricta ama de llaves que se encarga de que todo sea siempre perfecto. Entre sus pinturas tristes y sus pasillos silenciosos Mary descubrirá que aun queda algo de vida y magia en un gran jardín abandonado y oculto. Allí establecerá su refugio del mundo y su lugar para soñar. Y no lo hará sola, le acompañarán sus dos nuevos amigos: Colín, un versátil lisiado, y Dickon, un inocente bonachón que siente pasión por los animales. Los tres niños se encargarán de rehabilitar y restaurar el jardín secreto en medio de un ámbiente lúgubre y la mirada atenta del ama de llaves. Entre ellos florecerá una relación única que cambiará sus vidas.
